ივანე ჯავახიშვილის მიერ დაარსებულ უნივერსიტეტს მისი სახელი უნივერსიტეტის  დიდმა სამეცნიერო საბჭომ 1989 წლის 15 მაისს მიანიჭა. ამ მოვლენას წინ უძღვოდა 1988 წელს აკადემიკოს თამაზ გამყრელიძის მიერ უნივერსიტეტის 70-ე წლის იუბილეზე წამოყენებული წინადადება უნივერსიტეტისათვის  ივანე ჯავახიშვილის სახელის მინიჭების შესახებ, რაც ერთი წლის შემდეგ აღსრულდა. თუმცა უნდა ითქვას, რომ კომუნისტური ნომენკლატურის ინტერესების გამო მაშინდელი ხელისუფლების წრეებში ფარულ  წინააღმდეგობას უწევდნენ თამაზ გამყრელიძის წინადადებას. ეს  წინააღმდეგობა უნივერსიტეტმა დაძლია. აკადემიკოსი თამაზ გამყრელიძე აღნიშნავდა, რომ  უნივერსიტეტისათვის  ივანე ჯავახიშვილის  სახელის  მიკუთვნების  აქტი  არის  უნივერსიტეტის  ავტონომიის  ერთ-ერთი  პირობა:  „ ჩვენი  უნივერსიტეტისათვის  მისი  დამაარსებლის  სახელის   მინიჭება, ამავე  დროს,  არის  ხაზგასმა უნივერსიტეტის  ეროვნული  ხასიათისა, ხაზგასმა იმისა, რომ თბილისის უნივერსიტეტის  დაარსება ზევიდან  კი არ  არის   ნაბოძები, როგორც  ეს მოხდა  სხვადასხვა  რესპუბლიკაში მათი გასაბჭოების  შემდეგ, არამედ  იმისა, რომ  ეს უნივერსიტეტი  თვით ქართველმა  ხალხმა შექმნა; შექმნა მეცნიერების ის  ტაძარი,  რომელშიც  იწყო აღორძინება  ქართულმა  მეცნიერებამ და  კულტურამ..  თბილისის უნივერსიტეტის  მნიშვნელობა  ამ აქტით,  ჩემი აზრით, ძალიან  გაიზარდება. ის ჩადგება მსოფლიოს წამყვან  სახელობით უნივერსიტეტთა  რიგში“.

. . .

ივანე ჯავახიშვილი 1940 წლის 18 ნოემბერს ლექციის კითხვის დროს აუდიტორიაში გარდაიცვალა. მის მეორე სიკვდილს უწოდებდა აკადემიკოსი თამაზ გამყრელიძე საბჭოთა პერიოდში ივანე ჯავახიშვილის უნივერსიტეტიდან გათავისუფლების ფაქტს.  „ერთ დღეს მამა  მძიმე  გულისწუხილის  შემდეგ  ცოცხალ-მკვდარი მოიყვანეს სახლში. იგი ლოგინად ჩავარდა. ასე გულგატეხილი, გულნატკენი და შეურაცხყოფილი მე ის არ მინახავს მის წინააღმდეგ შემდეგში მომხდარი  მავნებლური  გამოსვლების  დროსაც კი (იგულისხმება პროცესი, როდესაც ივანე ჯავახიშვილს წითელმა პროფესურამ სამსჯავრო მოუწყო).  ამ ამბავმა კინაღამ იმსხვერპლა მამა“, – იგონებდა ნათელა ჯავახიშვილი (ჟურნალი ,,ნეკერი“, 1990 წ.). ასე რომ, ივანე ჯავახიშვილის  წინააღმდეგ  საშინელ  ცილისმწამებლურ კამპანიას, 1926 წლის 23 ივნისს,  მისი  რექტორობიდან გათავისუფლება  მოჰყვა.

აკადემიკოსი, საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის მაშინდელი პრეზიდენტი თამაზ გამყრელიძე ივანე ჯავახიშვილის მესამე სიკვდილად მოიხსენიებდა მიხეილ სააკაშვილის პრეზიდენტობისას (2006 წელს) განათლების რეფორმის კვალობაზე უნივერსიტეტიდან ღირსეული პროფესურის გაძევებისა და საუნივერსიტეტო ეროვნული კერების გაუქმების ფაქტს. „მესამე სიკვდილი“ ივანე ჯავახიშვილმა განიცადა უკვე ჩვენს დღეებში, როდესაც მის მიერვე შექმნილ და მისივე სახელობის უნივერსიტეტში, რომელიც ყოველი ქართველისთვის უმაღლესი განათლების მთავარ და წმინდა კერად იქცა და იგი ქართველთა მთავარ ეროვნულ უმაღლეს სასწავლებლად აღიარეს, ,,ივანე ჯავახიშვილის სახელობის კაბინეტი“ უქმდება, უქმდება ,,უმაღლესი განათლების კანონში“ არსებული მთელი რიგი ხარვეზებისა და ამ კანონის შესაბამისად უნივერსიტეტში ნაჩქარევად და გაუაზრებლად ჩატარებული სტრუქტურული ცვლილებების გამო. ამავე მიზეზით ჩვენს მთავარ ეროვნულ უნივერსიტეტში უქმდება ისეთი ეროვნული კერები, როგორებიცაა: „რუსთაველის კაბინეტი“, „ვაჟა-ფშაველას კაბინეტი“, „გალაკტიონის კაბინეტი“ და მრავალი სხვა ეროვნული სასწავლო-სამეცნიერო კერა და უნივერსიტეტის უამრავი თანამშრომელი, პირდაპირი გაგებით, ქუჩაში გაშვებული აღმოჩნდა“… – წერდა პრესის ფურცლებზე თამაზ გამყრელიძე.

. . .

დიდი მიხაკო წერეთელი ამბობდა: „ჯავახიშვილი რომ იმ დროს  დაბადებულიყო, იგი იქნებ  სხვა ექვთიმე ან გიორგი  მთაწმიდელი, ან ეფრემ  მცირე ყოფილიყო, ან, თუ გინდა, გრიგოლ  ხანძთელი, რადგან იგი ახალ საქართველოში იგივე მოვლენა იყო,  როგორიც იყვნენ  ეს დიდნი მამანი ძველ საქართველოში“.

ცნობილია მარტონ იშტვანოვიჩის ასეთი შეფასებაც: „ივანე ჯავახიშვილია ქართველოლოგიის  ალფაცა და ომეგაც. ასეთი მეცნიერები  ევროპაში მხოლოდ  რენესანსის დროს იყვნენ“.

ლადო ასათიანმა კი ასეთი ლექსი მიუძღვნა ივანე ჯავახიშვილს: „ნათელო კაცო, სიკვდილის ფრთა ვერ დაგაბნელებს,/შენ საქართველოს ისტორიის ხარ რჯულმდებელი“!